學會與南京
自從國民政府成立「國立中央研究院氣象研究所」之後,氣象學會的會務就漸轉移到南京,新任會長竺可楨博士負起較大的責任,由於他的投入心血和領導,對海峽兩岸氣象界都起了深遠的影響。學會成立之後出版「中國氣象學會會刊」共出十期,另出了一本「中國氣象學會十周(年)紀念刊」,實際上共出了十一本;民國二十四(1935)年七月將會刊改名為「氣象雜誌」,這月刊的創刊號為第十一卷第一期,以延續原有歷史之系統;民國三十(1941)年氣象雜誌又更名為「氣象學報」季刊從第十五卷起續出,但此時的中國是抗戰接內戰,各單位是西遷又東搬,業務維持都非常困難,幸賴本會職員之努力,第二十卷的氣象學報(竺可楨先生六旬壽辰紀念專刊)在民國三十八(1949)年五月問世了,至當年底國民政府全面退出大陸轉進台灣,氣象學會也分裂為二,往南到台北、往北到北京。來台灣後的中央研究院至今一直沒有恢復「氣象研究所」,可能原因是因為當時所有的研究人員都留在大陸,並北遷重組成為「中國科學院地球物理研究所」,以後再獨立三分,較偏重氣象科學的稱為「大氣物理研究所」。氣象研究所北極閣原址曾由「江蘇省氣象局」借用,目前兩塊招牌一套人馬的江蘇省和南京市氣象局的預報作業單位在這裡上班。
民國十六年國民政府定都南京,根據竺可楨的報告:「國立中央研究院氣象研究所之籌備實始於民國十六年秋,在中央研究院組織的研究機關就有觀象臺之設立,其業務包含:天文、氣象、地震、地磁四項。但以天文、氣象二者較重要,民國十七年二月蔡元培院長分觀象臺籌備處為:天文研究所(請高魯先生為所長)與氣象研究所(請竺可楨先生為所長)。民國十七年十一月九日國民政府公布中央研究院組織法,而氣象研究所則為中央研究院擬設十四個研究所之一。」竺可楨先生更因蔣委員長的堅持還要他兼「浙江大學」的校長,這兩個單位在抗戰西遷過程,竺所長(校長)實在費盡心血備極辛勞,幾年後並為浙大辭去他所熱愛的氣象研究所所長一職,交由趙九章博士負責,但保留研究員的身份,後來(民國三十七年)竺先生還當選中央研究院第一屆的院士。老總統蔣先生一直都非常敬重他,大陸情勢逆轉時,特別要蔣經國去請他隨政府來台,但竺可楨選擇留在大陸,並長期擔任另行組成的「中國科學院」副院長一職,民國六十三(1974)年二月七日逝世於北京、享年也是八十四歲。
民國十七年一月一日觀象臺籌備處就開始假南京成賢街大學院(教育部前身)花園餘地,架設氣象儀器從事觀測。但因場所不佳是有急籌永久所址之必要。環顧金陵城內「以欽天山北極閣為最宜,而其地自元、明以來,即為觀象臺舊址」。經商得首都市政府的同意,將全山移交給中央研究院作為建設氣象臺之用。在氣象臺未建成以前觀測地點三易其地,九月杪欽天山氣象臺兩旁之辦公室告竣,三十日子夜就移山上接續觀測,民國十八年一月初氣象臺(鋼骨混凝土構造)就全部建築完工。在北極閣內尚可看到清康熙皇帝南巡來此的紀念碑,被安置在氣象臺塔樓的後面,那裡後來加建第二期工程。目前所見氣象臺的塔樓基本維持原樣,只是以後頂部又加蓋安置了「氣象雷達」的天線,台前原有的觀測園已為松樹、小水池所取代,前面的大門及原建物也改建成現在省、市合一的氣象台(局)作業樓,及紀念竺可楨先生的「藕舫廳」。
在中央氣象局尚未成立(民國三十年)之前,中央研究院氣象研究所除觀測(天氣、地震…等)、學術研究外,尚從事天氣預報、規劃全國氣象測候所及辦氣象訓練班(共四期),對不久之後爆發的抗戰,因應當時空軍急需氣象人員的需求幫助非常大,不少人後來來台之後,對氣象教育和作業單位都有很大的影響力。在南京紫金山的天文台,那是配合中央研究院天文研究所的設立在民國二十三(1934)年所新建的,那裡有展出不少古代觀象儀器,原來是八國聯軍搶去後歸還及在欽天山觀象臺的。